JavaでExcel用のグラフも作成できるライブラリ ExCella
http://excella-core.sourceforge.jp/
http://itpro.nikkeibp.co.jp/article/NEWS/20090625/332624/
Excelの入力・出力ライブラリはいくつかあるけれど、
グラフまで出してくれるとはかなり便利そうです
実務で利用されるのかは分かりませんが。。
MA-EYESというシステムの一部をオープンソース化して
このExCellaができたようです
こんなことや
あんなことができちゃいます